Una volta riempita la vasca della minipiscina bisogna mantenere pulita l'acqua. In ogni caso non serve necessariamente cambiarla per ottenere sempre acqua pulita e cristallina.
Se nella minipiscina non è presente un sistema di filtraggio e sanificazione tramite il rilascia di Ozono (solo modelli Wellness ed Enjoy), il trattamento dell'acqua deve essere effettuato manualmente con l'utilizzo di un retino per rimuovere eventuali corpi estranei e con l'immissione di Cloro (venduto in pastiglie) per mantenere il Ph neutro intorno a 7.
Il trattamento dell'acqua in presenza della pompa di ricircolo con filtro e dello ionizzatore è minima se non praticamente assente. La rimozione dei corpi estranei avviene in automatico e pulendo periodicamente solo il filtro si evita l'accumulo di sporcizia sulla superficie dell'acqua.
La presenza di ozono nell'acqua (generato dallo ionizzatore) evita la formazione di microorganismi, algae o funghi nella vasca. In definitiva non è neanche richiesto l'utilizzo di funghicidi.